Citroën C4 Picasso è dotata del nuovo sistema di climatizzazione introdotto su Citroën Grand C4 Picasso. Con la climatizzazione automatica a quattro zone, i passeggeri anteriori possono regolare la temperatura dell'aria attraverso i comandi posti alle estremità del cruscotto, quelli posteriori dispongono di regolazioni individuali del flusso d'aria, con comandi posizionati a metà dei montanti, a sinistra e a destra. Una funzione "rest", abbinata a questa climatizzazione automatica permette di mantenere la ventilazione, a motore spento, durante le soste di breve durate (fino a 8 minuti, secondo lo stato di carica della batteria).
Citroën C4 Picasso offre in opzione un rilevatore di qualità dell'aria e un diffusore integrato di fragranze.